為貫徹落實黨的十七大和十七屆二中全會精神，2008年，新聞出版總署根據國務院有關規定，對機構設置和職能分工進行了較大規模的調整，建立了決策權、執行權和監督權既相互制約又相互協調的工作機制，使行政運行機制和管理方式向規范有序、公開透明、便民高效、監督有力等方面轉變。通過改革，總署機關行政管理工作布局煥然一新，符合時代特征和上級要求、適應新形勢下新聞出版改革發展需要的行政體制和運行機制已初步形成。為在全國范圍內按市場經濟要求推進新聞出版行政體制改革提供了寶貴經驗，為新聞出版業繼續深化改革，實現科學發展提供了堅實基礎和有力保障。新的機構設置和職能分工主要體現了以下一些特點。
一是理順了行政職能。音像管理多家分割的局面得到徹底改變，音像制品批發、零售、出租、放映和進口的管理職責納入新聞出版總署。新聞行政管理職能得以理順，包括廣播電視在內的全國新聞單位記者證的監制管理由總署負責。同時，在本次調整中，總署還增加了對從事出版活動的民辦機構進行監管的職責，加強了指導著作權保護工作職責，明確了動漫和網絡游戲出版發行的管理職責。
二是突出了改革發展。為適應新聞出版產業發展的需要，加大宏觀調控力度，圓滿完成各項出版發行體制改革攻堅任務，本次改革專門設立了出版產業發展司，其主要職責就是抓改革、抓創新、抓調控，進行統籌規劃、協調、指導和推動新聞出版業深化改革，實現全面協調可持續發展。
三是強化了公共服務。首次將公共服務內容寫進了相關司的主要職責，推進新聞出版領域公共服務體系建設，組織實施農家書屋工程、社區書屋工程，推動全民閱讀活動開展等成為總署的重要工作職責。
四是改革了行政審批模式。新設立了綜合業務司，將原來分散于各司的審批事項集中，實行統一受理、統一審批、統一答復，改變了過去多頭審批、資源分散、效率低下的工作模式。這是總署首次實行審批項目集中辦理，也率先在中央國家機關建立了行政審批集中辦理的工作機制，在建立“陽光政府”方面邁出了重要一步。
五是改革了機構設置模式。本次改革，打破了過去按產品類型設置機構的模式，對內設機構進行了重大調整，按媒體類別和生產、銷售環節設置綜合管理機構，突出了新聞管理、出版管理、新聞媒體管理和生產銷售管理。首次在內設機構名稱中使用新聞一詞，加大了對新聞活動的管理力度;首次在內設機構名稱中使用數字出版一語，將網絡文學、網絡書刊、手機出版、數字出版等明確納入管理范圍，體現了總署對新興業態的關注，有助于加強對新聞出版領域內的新媒體、新業態的研究、開發、利用和監管，進一步提高了新聞出版業利用新技術的能力和水平。
