4月14日，環境保護部、發展改革委等國務院八部門聯合召開電視電話會議。2009年環保專項行動的三項重點工作分別是：嚴管“兩高一資”行業，集中開展鋼鐵、涉砷行業專項檢查；鞏固飲用水源保護區集中整治成果，持續開展環境保護后督察；著力整治城鎮污水處理廠、垃圾填埋場環境違法問題，切實發揮治污設施的減排效益。
2008年環保專項行動工作取得成效。全國共出動執法人員160余萬人次，檢查企業70多萬家次，立案查處1.5萬家環境違法企業，掛牌督辦3500余件，追究地方政府及相關部門行政責任人100余名。環境保護后督察、環境基礎設施專項檢查和重點流域水環境集中整治都取得了積極的成效。
一是各地針對往年查處的環境違法案件、飲用水源地環境違法行為，關停的造紙行業落后產能開展后督察，環境保護后督察工作成效顯著。2005年以來，各級政府掛牌督辦的2.8萬件典型環境違法案件，97%的環境違法問題得到全面整改；集中檢查的4661個飲用水源保護區，97%基本落實了環保整改措施；特別是被取締關閉的2633家造紙企業，造紙行業集中度得到提高，企業生產規模已由2007年初的1.25萬噸/家提升至2.65萬噸/家，累計實現減排COD80余萬噸，在工業行業污染減排中取得突破性進展。
二是環境基礎設施專項檢查取得實際成效。1530家投入運營城鎮污水處理，82.4%的城鎮污水處理廠出水能夠達到國家或地方排放標準，85.5%的污水處理廠出水口安裝了在線監控裝置，污水處理廠平均運行負荷率由71.8%提高到76.9%。去年第一次將垃圾填埋場滲濾液問題作為重點，對935座垃圾填埋場進行了全面檢查，責令100余家不符合規范要求的生活垃圾填埋場限期整改。
三是重點流域水環境集中整治成效顯現。各地不斷加大重點流域環境執法力度，專項整治污染企業，推動重點流域水質總體有所改善。河北省加大海河流域整治力度，在子牙河水系主要河流實行跨市界斷面水質目標考核并試行扣繳生態補償金政策，子牙河流域相關市縣加大整治力度，29個監測斷面水質有效改善；安徽省對巢湖、淮河流域重點排污企業嚴查嚴辦，巢湖、淮河干、支流總體水質均進一步好轉。
